Dann könnte sich doch auch z.B. Austria Salzburg für die Regionalliga Bayern bewerben?

http://www.fussballtransfers.com/nachricht/finanznot-zieht-twente-nach-deutschland-um_65875

Ja das wäre möglich.
Die Satzung es BFV sieht eine solche Möglichkeit für grenznahe Vereine vor.
§ 1
(1) Der Bayerische Fußball-Verband ist eine Vereinigung von Fußballvereinen
und anderen Vereinen mit Fußballabteilungen mit dem Sitz in Bayern. Ausnahmen bezüglich der Einreihung in den Spielbetrieb können bei Grenzvereinen mit Zustimmung des benachbarten Landesverbandes gemacht werden.

In Westfalen ist das nur möglich wenn Enschede mit einem in Westfalen ansässigen Verein fusioniert oder ein Spielgemeinschaft bildet. Hier ist die Gültigkeit der Satzung des Verbandes auf das Gebiet von Westfalen begrenzt. Um Profifußball spielen zu können, wie im Bericht dargestell, also mindestens mit einem Zweitligaverein.

Eine direkte Lizenz halte ich für eher ausgeschlossen, da man um Mitglied beim DFB sein zu können, Mitglied in einem Landesverband sein muss.
Ich will nicht ausschließen dass es einen Verband in D gibt der in seinen Statuen keine regionalen Begrenzungen hat. Aber wenn Enschede selbstständiges Mitglied im z.B. Verband würde, stellt sich schon die Sinnfrage.